De habitatrichtlijn (92/43/EEG)

Deze Europese richtlijn dateert van 21 mei 1992. Ze verplicht de lidstaten tot het afbakenen van speciale beschermingszones, waarin maatregelen genomen moeten genomen worden om de natuurlijke habitats in een gunstige staat te behouden. Samen moeten deze zones een samenhangend Europees netwerk vormen (Natura 2000).
Alle soorten vleermuizen in Vlaanderen zijn vermeld in bijlage IV , wat wil zeggen dat ze als soorten van communautair belang een strikte bescherming genieten.
Zeven soorten (Grote en Kleine hoefijzerneus,Vale vleermuis, Mopsvleermuis, Meervleermuis, Ingekorven vleermuis, Bechstein’s vleermuis) worden ook in bijlage II vermeld als soorten van communautair belang waarvoor speciale beschermingszones moeten afgebakend worden.
Om de zes jaar moeten de lidstaten een rapport publiceren met de stand van zaken. In Vlaanderen zijn 40 habitatrichtlijngebieden aangewezen. Spijtig genoeg is er zo goed als geen rekening gehouden met vleermuizen. Enkel een aantal winterverblijven werden afgebakend. Zomerkolonies en foerageergebieden, even essentieel voor het voortbestaan van een vleermuizensoort, zijn niet opgenomen.